اطلس بیماری‌های نادر ایران مجموعه‌ای علمی و نظام‌مند است که توسط بنیاد بیماری‌های نادر ایران با همکاری دانشگاه‌های علوم پزشکی و متخصصان مختلف تدوین شده و هدف آن شناسایی، طبقه‌بندی و ارائه اطلاعات دقیق درباره بیماری‌های نادر در کشور است.

این اطلس شامل توصیف بیماری‌ها، علائم بالینی، علت‌های ژنتیکی و غیرژنتیکی، روش‌های تشخیص و راهکارهای درمانی یا مراقبتی است و به عنوان یک مرجع مهم برای پزشکان، پژوهشگران و سیاست‌گذاران سلامت عمل می‌کند.